玉米種子營養豐富，胚大，天然雜交率高，生活力旺盛，這些都給種子貯藏帶來困難。其一大貯藏難點就是玉米種子水分含量較大，造成容易在貯藏過程中發霉或者變質，另外玉米種子其不成熟顆粒較多，或者成熟期不同，導致玉米種子品質參差不齊。
      玉米種子原始水分大，成熟度不均勻。玉米穗外包圍著幾層苞葉，在植株上根本得不到充分的日曬干燥。在收獲季節天短，陽光熱量小，秋天雨水多，所以，玉米種子中原始水分一般較其他作物大，新收獲的玉米水分多達20％～30%，在秋收季節，日照好、雨水少的情況下，玉米種子含水量也在15％～22%。特別是夏播玉米制種，抽雄散粉和吐絲恰遇在三伏盛夏，花期和授粉都不同程度地受到影響，同株兩個果穗也不可能同時授粉結子，即使是同一個果穗，中部和頂部不會同時受精、結子、灌漿，這種生物學特性使種子成熟度也有差異。加之玉米含水量大、子粒大、脫粒時容易損傷，不成熟子粒與破碎子粒較多，這類子粒極容易遭受倉庫昆蟲和微生物的侵害，有的則在貯藏期間就受黃曲霉菌的侵害。
      由上可見，在玉米種子貯藏前，我們需要先對種子盡可能的干燥，可以用陽光曬或者其他的方式減少玉米種子水分的含量。另外，玉米種子品質差別大可以通過對玉米種子進行品質檢查。玉米品質檢查可以分為種子凈度分析、種子含水量測定、種子千粒重測定以及種子發芽率測定。每個參數的測定都尤其特定的科學儀器。種子含水量可以通過烘干法，種子千粒重可以通過種子數粒儀進行測定；種子發芽率可以通過精密種子發芽箱，因為精密種子發芽箱能夠提供種子發芽所需要的各種環境參數；另外還有種子凈度分析可以通過種子凈度工作臺。這四個參數是種子品質檢查的四大必檢參數，對于種子品質的判定具有決定性的意義。