水稻苗期最易感病，且發病程度與種子帶菌有關。重病谷不發芽，或發芽后不久即死亡。病輕的種子出苗后，當土溫達到25~30 ℃時，就開始表現癥狀，全株淡黃綠色，生長細長，一般高出健苗1/3左右，根部發育不良（有時不明顯）；葉片和葉鞘窄長，部分移栽前死亡。濕度大時在枯死苗近地面部分有時產生淡紅色或白色霉狀物，即病菌的分生孢子。

在秧田不表現癥狀的帶菌秧苗，移栽后半月至一個月出現病株，一般病株比健株高，但分蘗少或不分蘗，節間顯著伸長，節部常彎曲露出葉鞘之外，下部幾個莖節倒生許多白色或黃褐色的不定根。剝開葉鞘，有時可見節的上下組織呈暗色，莖上有暗褐色條斑，剖開病莖，可見白色株絲狀菌絲體，以后莖稈腐朽，重病株在孕穗前枯死，輕病株提前抽穗，穗形短小或籽粒不實，有的變成白穗。天氣潮濕時，在枯死病株的表面長滿淡紅色或白色粉霉，后期散生或群生藍黑色小粒。

水稻抽穗期谷粒也可受害，嚴重的變為褐色，不能灌漿結實變成癟粒，有的病粒內外穎縫合處有一層線狀條紋，天氣潮濕時產生淡紅色霉層。發病輕的僅谷粒基部或尖端變為褐色，有的病粒外表無明顯癥狀，但內部有菌絲潛伏。

病菌的分生孢子梗無色，分生孢子有大、小兩型。小型分生孢子卵形、橢圓形或紡錘形，單胞，偶見雙胞，最初在孢子梗上串生成長鏈或簇生成球狀，以后分散；大型分生孢子無色，細長，新月形，兩端彎曲尖削，基部有足細胞，一般有3~5個隔膜，通常著生于多次分枝的無色分生孢子梗上，大量孢子聚集時，呈淡紅色，干燥時呈粉紅色或白色。

惡苗病的發生程度直接影響水稻有效穗數量和產量，因此準確和快速鑒別惡苗病并及時采取措施至關重要。但是，在惡苗病發生普遍時尤其要注意與生理性病害和病毒性病害的區別：生理性病害一般表現為老葉或下部葉片先發病；病毒性病害多心葉和上部幼嫩葉片先發病；而惡苗病通常全株（包括葉片和葉鞘）表現癥狀。