根系的分析歷史也比較長遠了，在這樣的狀態之下，根系的研究方法也總結出來很多，從根系研究科學的開始到現在利用科學計算機技術，對根系的分析重點沒有變，變的只是分析的工具。現代根系分析系統的應用使分析過程更精準更全面。

　　因為根系是作物的地下營養器官，不僅為作物吸收土壤中的水分和養分，固定植株，更是氨基酸、激素等微量活性物質合成與轉化的場所。對于根系的分析歷史如果追溯起來也是一本厚厚的歷史資料，1923年美國植物生態學家Weaver經典挖掘方法進行根系研究，此后作物根系研究逐漸展開，但進展緩慢。自20世紀80年代以來，隨著人們對根系重要性認識的加強，以及研究方法和技術的不斷改進，作物根系研究取得了重大進展。

根系分析系統的基本原理是將掃描系統與圖形分析軟件結合起來，利用圖像分析軟件對掃描的根系圖像進行分析，計算出根系長度、表面積、體積、根尖數量等指標。其中RootVizFS系統可以全方位拍攝根系的立體X-光照片，是非破壞性的原位分析系統，非常適合于研究植物根系對脅迫的動態響應。根系分析系統的應用降低了研究者對根系參數獲取的難度，但高精確度以及對大田植株整體根系的動態監測還難以實現。