根系分析系統按成像方式不同，可分為對原位根系圖像的分析儀，以及對洗根后的根系圖像分析儀。一般都要求可分析根系的長度、直徑、面積、體積、根尖數、分叉數、根交叉數等。

    再專業些的根系分析系統，還可分析植物根系的主側根拓撲形態關系、連接關系，以及根尖部 位的色彩變化，以便進行根系形態和構造研究。最新的根系分析系統應具備大批量圖像的全 自動分析特性，用戶可對自動分析結果進行局部的交互編輯修正，以確保數據的科學性。對原位根系圖像，因根系與土壤的顏色可能非常接近，故國內外均采用圖像中根系目標的自 動增強后，以交互引導的方式進行標記分析的。另外，還有引入分形維數，以及直方圖投影來進行根系整體生物量分析的。根系分析的最新技術還可分析根瘤菌體積在根系中的占比，以客觀確定根瘤菌體的貢獻量。
    托普云農研發的這套根系分析系統是目前市場上應用較多的一套設備。它能進行根系的顏色分析，確定出根系存活數量，輸出不同顏色根系的直徑、長度、投影面積、表面積、體積。此外，系統還具備人工輔助修正：圖像可放大縮小和局部觀察；根據尺寸等方面的區別，進行自動雜質剔除。