在四川盆地內栽培番茄，能否豐產，和培育壯苗有很大關系。但番茄苗期由于各種各樣的原因，極易染上多種病害，對番茄的生長造成極大的不良影響。比較常見的有猝倒病、灰霉病、立枯病、晚疫病及漚根等。
　　猝倒病：可以采用快速育苗、無土育苗或無病土育苗的方法防治。
　　一、苗床處理：播種前15－ 20天，將床土翻松平整，每平方米用40%甲醛溶液(福爾馬林)50毫升，加水2－ 4公斤，均勻地澆于床土上，然后用薄膜或麻袋覆蓋4－ 5天，再揭去覆蓋物，翻動床土2－ 3次，10－ 15天即可播種。也可用50%多菌靈可濕性粉劑和50%福美雙可濕性粉劑1:1混合，每平方米用藥8－ 10克，加細土10－ 15公斤拌勻配成藥土，播種時將三分之二藥土撒于畦面上，播后再用三分之一藥土覆蓋在種子上。
　　二、種子處理：溫湯浸種既可殺死種子上攜帶的病菌，又可起催芽和提早出苗的作用；藥劑處理，可用50%福美雙可濕性粉劑300倍液或50%多菌靈可濕性粉劑800倍液；或用25%甲霜靈可濕性粉劑1500倍液和65%代森鋅可濕性粉劑1500倍液按3:1混配浸種。
　　三、加強苗床管理：播種密度不宜過大，注意間苗和分苗，做好保溫工作，施足底肥，糞肥要充分腐熟。不能大水漫灌，以免苗床濕度過大。如果苗床濕度較大，在條件允許的情況下及時通風，也可撒細干土或草木灰降低濕度。并要及時拔除病苗以防蔓延。
　　四、藥劑防治：發現病苗后及時拔除并噴藥防治。可以用25%瑞毒霉可濕性粉劑500－ 800倍液、75%百菌清可濕性粉劑600倍液，每5－ 8天噴灑一次，連噴2－ 3次。
　　灰霉病：
　　一、生態防治：保護地栽培的主要是控制棚室溫濕度。一般上午遲放風，棚內超過30℃開始放風，當棚內溫度降到25℃時，中午繼續放風，下午溫度維持在20－ 25℃，至20℃時停止放風，以使夜間溫度保持在15－ 17℃之間，陰天打開通風口換氣。加強栽培管理，定植移栽時施足底肥，避免陰雨天澆水，澆水后應放風排濕。不論是保護地還是露地發病后都要控制澆水，病果、病葉及時摘除并集中處理，拉秧后清除病殘體，注意農事操作衛生，防止染病。
　　二、藥劑防治：重點抓住移栽前、開花期和果實膨大期三個關鍵用藥。
　　移栽前用50%速克靈可濕性粉1500－ 2000倍液或50%多菌靈或濕性粉劑500倍液噴淋幼苗。
　　定植后結合沾花施藥，即在配好的2.4－ D 或防落素稀釋液中加入0.1%的50%撲海因可濕性粉劑或50%多菌靈可濕性粉劑或0.2%－ 0.3%的25%甲霜靈可濕性粉劑進行沾花或涂抹。近幾年來單用“保果靈1號”可濕性粉劑效果良好，即每克兌熱水0.5升充分攪拌，冷卻后沾花。
　　在澆催果水前或初發病時施用催果藥。噴霧可選用50%速克靈可濕性粉劑2000倍液；50%撲海因可濕性粉劑1500倍液；60%防霉寶超微粉劑600倍液；45%噻菌靈懸浮劑4000倍液；2%武夷霉素水劑150倍液；50%農利靈可濕性粉劑500倍液等。
　　保護地內煙霧施藥可選用10%速克靈煙劑或45%百菌清煙劑，每畝每次250克；3%噻菌靈煙劑，每畝每次250克。
　　立枯病：
　　一、苗床處理可參照猝倒病。
　　二、種子處理：用種子重量的0.3%的40%拌種雙，或者用50%福美雙拌種。
　　三、加強苗床管理：注意提高地溫、科學通風，防止苗床出現高溫高濕。
　　四、藥劑防治：發病初期噴淋50%立枯凈可濕性粉劑800倍液、36%甲基硫菌靈懸浮劑500倍液，或70%代森錳鋅可濕性粉劑600倍液或5%井崗霉素水劑1500倍液。猝倒病、立枯病混發時，可用50%福美雙可濕性粉劑800倍液噴淋，每平方米2－ 3升，7－ 10天1次，連續防治2－ 3次。
　　晚疫病：
　　一、農業防治：選用抗病品種，這一條可參考種子包裝上的說明；與非茄科作物實行3年以上輪作；加強肥水管理，晴天澆水并防止大水漫灌，保護地澆灌后適時通風，施足底肥，采用配方施肥；合理密植，及時整枝，改善通風透光條件；及時清除中心病株。
　　二、藥劑防治：發現中心病株后及時施藥效果良好。
　　噴霧施藥可選用40%疫霉靈可濕性粉劑250倍液、58%甲霜靈錳鋅可濕性粉劑500倍液、64%殺毒礬可濕性粉劑500倍液、72%霜脲錳鋅(杜邦克露)可濕性粉劑800倍液、69%安克錳鋅可濕性粉劑1000倍液。
　　保地內可進行粉塵施藥：可選用5%霜脲錳鋅粉塵劑每畝每1公斤、5%百菌清粉塵劑每畝每次1公斤，于傍晚棚室封棚前施藥，過夜即可。7－ 8天一次，連續3－ 4次。
　　煙霧施藥可選用45%百菌清煙劑250克/畝次，傍晚施藥，封閉棚室。
　　灌根施藥可選用50%甲霜銅可濕性粉劑600倍液、60%琥·乙磷鋁可濕性粉劑400倍液，每株灌藥液300克左右即可。
　　生理性病害漚根：
　　一、畦面要平、嚴禁大水漫灌。連綿陰雨天要及時通風透光。
　　二、可以采用日光能溫室或電熱線育苗：加強苗床地溫管理，控制苗床溫度在15℃以上。發生輕微漚根后要及時松土，提高地溫，待新根長出后再轉入正常管理。