中藥材在種植過程中的化肥農藥的使用也會造成污染，而且在各種加工貯藏運輸過程也存在一定的污染。農藥殘留檢測是較為復雜的痕量分析技術,相較于食品的農殘分析,中藥材的農殘檢測具有以下特征:¹樣品基質復雜;º所含次生代謝產物較多,種類復雜多樣;對農藥最大允許殘留量(MRL)要求更嚴格,測定方法需有更高靈敏度;¼中藥材大多為小農戶生產,缺乏統一科學的作物保護指導,易造成施用農藥混亂,施用種類無法有效統計,對農藥測定種類提出較高的要求;½中藥材又不同于食品,不經常或大量使用,但其主要用于體弱人群。針對上述情況,開發出靈敏度高、專屬性強及通用性廣的多殘留測定方法及制訂合理的標準是中藥材中農殘檢測的必然趨勢。農藥殘留檢測儀是對作物農藥殘留量進行準確測定的儀器。
　　
　　種植者施藥次數頻繁,且經常是幾種高毒農藥混配使用,特別是蟲害嚴重時期,使用農藥的濃度加倍。在中藥材種植和生產過程中,中藥材被動地從受到農藥污染的環境,如土壤、水源、大氣中吸收與積累農藥。農藥使用時機和季節不合理,如一些中藥材產區,在施用農藥后不久,農藥的降解期未過(如一些內吸性農藥)就開始采收。通過農藥殘留檢測儀的測定發現，在中藥的生產過程中,環節多,污染的可能性大,如藥材炮制過程中輔料、晾曬場所的污染等。另外在中藥的包裝及運輸中,如用包裝農藥、化肥的材料來包裝藥材,運輸農藥化肥的車輛未徹底清潔就運輸藥材都會造成污染。因此,市場上流通的中藥材存在農藥殘留的狀況,且存在農藥殘留的農藥品種多而雜,同一種藥材使用農藥的品種不固定。
　　
　　由于中藥材種類繁多,成分復雜,甚至不同地區的同一品種藥材成分也存在差異,這些情況使得中藥材中農藥殘留的提取和分離相對困難,從而使中藥材中多農藥殘留檢測技術發展緩慢。作為中藥材的發源國,我國對中藥材中農藥殘留監測和檢測技術的發展目前還沒有給予足夠的重視,尤其是開發和建立中藥材中數百種農藥高通量檢測技術,更應成為今后研究的主要方向。
　　
　　隨著世界經濟的一體化,農藥殘留檢測儀對農藥殘留檢測水平也應不斷提高。為應對中藥中施用農藥現狀的不斷變化,我國的中藥材中檢測農藥殘留的指標需有一個不斷擴充和更新的過程,根據不斷積累的檢測數據評價檢測指標設置的必要性,使我國對中藥中農藥殘留檢測的范圍和水平不斷得到提升。

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